Die wesentlichen Organe des Vereins sind die Generalversammlung und der Vorstand, unterstützt durch die Beiräte und mehrere Ausschüsse. Zur Unterstützung des Vorstands und der Generalversammlung bilden Beiräte ein Beratungsorgan. Diese können zu verschiedenen Fachgebieten eingerichtet und ernannt werden.

Ausschüsse und Gremien

• Finanz- und Vermögensverwaltung: Finanzielle Gebarung, verantwortlich für Rechnungswesen, Prüfung Buchhaltung und Vermögensverzeichnis, Erstellung Jahresvoranschlag, Rechenschaftsbericht; Koordination mit Schulsekretariat und Direktion.
• Pastoraler Ausschuss: Schulseelsorge/-pastoral – theologische, religiöse und spirituelle Grundausrichtung, religiöse Feste und Feiern – Verbindung zwischen Gymnasium und Kloster/Stift Schlierbach
• Personalausschuss: Personalangelegenheiten (Anstellung/Entlassung Schulleitung, pädagogisches und nichtpädagogisches Personal), strategische Planung, Schulentwicklung
• Bauausschuss/-beirat: Infrastruktur und Ausstattung, Gebäudeerhaltung und -instandhaltung, Gebäudeerrichtung, bauliche Projektüberwachung, Baumanagement, Vergabe, Kostenkontrolle, technische Kontrolle
• Rechtsbeirat: Vertragserstellung und -prüfung, Beratung in rechtlichen Belangen.

Die Schlüsselpositionen im Vorstand sind wie folgt besetzt:

• Obmann: MR Franz Gegenleitner, MA 
• Obmann-Stv.: Mag. Wolfgang Lamm, Dr. Manfred Gabriel, Mag. Bernhard Ruf
• Kassier: Mag.^a Rita Sieberer-Kefer
• Kassier-Stv.: Mag. Helmut Ramsebner
• Schriftführer: Dr. Wolfgang Herndl
• Pastoraler Koordinator: Dipl.-Päd. Mag. Prior P. Gabriel Ertl, OCist.